Item – Thèses Canada

Numéro d'OCLC
1252621889
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Exemplaire de BAC
Auteur
Vittrant, Benjamin,
Titre
L'utilisation des outils bioinformatiques pour caractériser le paysage immunologique du cancer de la prostate
Diplôme
Philosophiæ doctor (Ph. D.) -- Université Laval, 2021
Éditeur
Québec : Université Laval, 2021
Description
1 ressource en ligne (xi, 187 pages) :illustrations en couleur, fichier PDF (11,8 Mo)
Notes
Titre de l'écran-titre (visionné le 25 mai 2021)
Thèse ou mémoire avec insertion d'articles
Bibliographie : pages 162-187
Résumé
Dans le cadre de mon doctorat j'ai développé des approches appliquées d'analyse de données pour effectuer une analyse multi omique du cancer de la prostate (CaP). Mon projet s'est défini en deux parties distinctes correspondant aux deux articles intégrés dans le corps de mon document. Une première partie du travail a consisté à récupérer des données omiques de différents types (RNA-Seq, Methylation, CNA, SNA, miRNA, données cliniques) associées au CaP et à les préparer avec un pipeline bioinformatique adapté. Ensuite j'ai eu pour objectif de chercher à mettre en avant de nouveaux points de contrôles de l'immunité associés à la récidive biochimique (BCR) dans le CaP au travers de ces données. Pour remplir cet objectif j'ai utilisé une approche particulière basée sur des algorithmes d'analyse en composante principale (PCA) et de régression des moindres carrés (PLS). Cela a permis de faire ressortir une famille spécifique de points de contrôle de l'immunité, la famille des LILR, qui peut potentiellement être une famille cible en immunothérapie. Dans un second temps, j'ai utilisé ces mêmes données pour développer un protocole d'analyse d'apprentissage machine (ML). Le but de ce travail était de montrer qu'il était possible de prédire si des patients allaient récidiver ou pas à partir de données RNA-Seq. J'ai montré que même avec des petits jeux de données on pouvait atteindre des scores de prédiction très bon et que les algorithmes actuels de ML prenaient bien en compte la variabilité technique de la diversité des sources de données dans le CaP. Il est donc possible d'utiliser les biobanques actuelles possédées par les structures de recherches à travers le monde pour créer des jeux de données plus importants.
Autre lien(s)
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Sujet
Immunoinformatics.
Immuno-informatique.
Prostate Cancer Immunologie.
Immuno-informatique.
Prostate -- Cancer -- Immunologie.